南京中医药大学中医医史文献学科组建于20世纪50年代初。学科与南京中医药大学同步发展，一直走在全国同类学科的前列，取得了卓越成就。编纂出版了《中医学概论》《中药大辞典》《中医方剂大辞典》《中华本草》《中华医方》《中医临床病证大典》等具有划时代意义的中医药文献著作，先后成为江苏省重点学科、国家中医药管理局重点学科建设单位、国家教育部重点学科、“十四五”国家高水平中医药重点学科，是中医医史文献专业硕博士研究生学位授予单位和博士后联合培养单位，获得多项国家级和省部级科技、社科奖项及图书奖，培养了一大批中医医史文献研究领域的优秀人才。

学科组建伊始，吴考槃、丁光迪、吴贻谷、宋立人、彭怀仁等老一辈学术大师筚路蓝缕、呕心沥血，组建起新中国一支中医医史文献研究队伍。在70年的发展历程中，在这支队伍的引领下，创造了许多历史辉煌，突出地表现在编撰了全国最早的中医院校统编教材以及具有全国影响力的中医药工具书。

2002年，本学科被评为教育部国家级重点学科、国家中医药管理局重点学科建设单位，2005年通过国家中医药管理局重点学科建设中期评估，2007年通过教育部考核评估，进入新一轮建设。此后，又被列入国家中医药管理局“十一五”“十二五”重点学科。而今，又被列为“十四五”国家中医药管理局高水平中医药重点学科(中医文献学)。宋立人、赵国平、王旭东、陈仁寿教授相继担任学科带头人。

2023年学科所在管理部门由中医药文献研究所更名为中医药文献研究院，并成立江苏省中医流派研究院，带领学校多个附属医院的中医流派专家开展江苏吴门医派、孟河医派、龙砂医派、澄江学派等地方流派研究，整理挖掘流派典籍及其学术思想与临床经验，丰富中医医史文献学科的内涵，壮大研究队伍。力争在研究院领导与专家老师的共同努力下，不断取得更多的中医医史文献研究成果。

“十四五”国家中医药管理局高水平中医药重点学科(中医文献学)：

学术带头人：王旭东

学科带头人：陈仁寿

后备学科带头人：沈劼

研究方向及其带头人：

①本草文献整理与考证研究：陈仁寿

②方剂文献整理与挖掘研究：吴承艳

③中医古籍与语言文字研究：沈澍农

④中医临床文献与流派研究：沈劼

⑤中医药文献信息化与智能化研究：胡孔法