中医药文献研究所资料室是为文献所教学科研服务的学术性机构。资料室使用面积近350平方米，包括阅览室、资料室、档案室及古籍室。其中阅览室设置阅览座位16个，并配有专业技术人员。

所资料室以中医医史文献学科的文献资料为主，辅以与之相关的交叉学科文献资料，现藏有中外文书刊8000余册，古籍1000余册，及编写《中药大辞典》《中医方剂大辞典》《中华本草》等标志性成果的珍贵历史资料；目前订购的报刊杂志有30余种，收藏本院硕士和博士学位论文100多种。

本室引进ILAS云小型版业务管理体系。所藏书刊均按《中国图书馆分类法》体系排架，实行开架借阅。

资料室对校内外所有读者开放，但图书外借仅限于本所师生员工。