中医流派研究中心以传承中医药的珍贵遗产，挖掘中医药的宝贵资源为目的，依托本校中医药文献研究所及其中医流派研究室为基地，从文化、历史、学术的角度开展中医流派发展史和学术思想的研究。既往完成了江苏省社科、江苏省中医管理局、江苏省高校等众多课题，出版了《中国中医药学学科史》《百年金陵中医》《江苏中医历史与流派传承》等一批代表性书籍，目前正在开展江苏地方性医学流派的研究，为发展全国及江苏省中医药事业服务。