南京中医药大学本草学学科依托于南京中医药大学中医药文献研究所，于2013年成为南京中医药大学第二期校级重点培育学科。本学科学术积淀深厚，自上世纪七十年代起，在老一辈本草学专家吴贻谷研究员、宋立人研究员、洪恂研究员、王锦鸿研究员等带领下，先后完成了现代本草学标志性成果《中药大辞典》、《中华本草》等，为学科发展奠定了坚实的基础。

本学科研究团队由中药学、中医学、信息学、语言学等不同学科背景研究人员组成，研究队伍知识结构科学，年龄层次合理。目前学科主要有四个研究方向，即本草整理方向，方向带头人为陈仁寿研究员；本草考证方向，方向带头人为刘训红教授；本草临床应用方向，方向带头人为吴承艳研究员；本草信息化和智能化方向，方向带头人为曹宜副研究员。

近年来，本学科在教学、科研方面均取得一定成果。学科成果《中药大辞典》（第二版）于2011年获得第二届中国出版政府奖，是唯一的中医药辞书类获奖作品。学科成员参与了本草学第一部本科规划教材的编写工作，承担完成“中医古籍珍本集成•本草分卷” 编纂工作，先后获得了科技部“十一五”科技支撑项目、国家自然科学基金等多项科研课题。

本学科未来建设目标是保持和发扬我校本草学方面的研究特色和优势，继续深入开展本草学资源建设工作，创建国内先进的本草学研究中心和本草学资源平台，力争使本学科成为我国本草学文献整理研究和本草信息资源开发的重要基地，扩大学科国内外的影响力。