南京中医药大学中医医史文献学科组建于20世纪50年代，老一辈专家吴考槃、丁光迪、吴贻谷、宋立人、彭怀仁等学术大师，筚路蓝缕，呕心沥血，组建起新中国最早的中医文献研究队伍。2002年以来先后被确立为国家重点学科、国家中医药管理局重点学科。

60年来，学科主持完成了一批具有国际水平的重大文献研究项目，如《中医学概论》《中药学概论》《中药大辞典》《诸病源候论校注》《中医方剂大辞典》《中华本草》等。其中，《中药大辞典》1979年获国家科学大会奖，《中医方剂大辞典》1999年获国家科技进步三等奖；《中华本草》2001年获得国家图书荣誉奖（最高奖）和第十届中国优秀科技图书一等奖，2009年获得江苏省科技进步一等奖及中华医学科技二等奖。这些标志性的成果，积淀了丰厚的学术传统和文献资源，在国内外产生了较大的学术影响，为南京中医药大学成为现代中医教育的摇篮奠定了坚实的基础，为中医药事业的持续发展做出了重大贡献。

目前，本学科的教学、研究人员共60人，学科带头人为王旭东教授， 后备学科带头人为陈仁寿研究员，学科秘书为衣兰杰、奚飞飞。其中正高职称占35%，副高职称占43%，中级职称占23%。成员分属中医药文献研究所、基础医学院、图书馆、信息技术学院、人文与政治教育学院等。

经过多年的积淀发展，学科已经形成五个较为稳定的学术方向：

1.现代重大疾病与中医理论的相关性研究，方向带头人王旭东教授；

2.中医方药文献资源的开发研究，方向带头人陈仁寿研究员；

3.中医文献整理与信息化、智能化研究，方向带头人虞舜研究员；

4.中医古籍解读与语言文字研究，方向带头人沈澍农教授；

5.中医思维方法与发展规律研究，方向带头人张宗明教授。

2008年，学科承担了国家中医药管理局重点研究专项——《365种中医古籍珍本集成》的编纂研究，目前已出版多套丛书。2010年，承担中央财政专项——《古籍保护与利用能力建设项目》。近年来，本学科已完成科研项目100余项，其中国家级10余项，国际协作项目2项。共发表学术论文400余篇，出版学术著作120余部，出版教材60余部。承担多项教学研究项目，获教学成果奖8项。取得国家专利10余项。其中《中医药学学科史》《百年金陵中医》等在学界备受好评。随着本学科在国内外学术地位的不断提高，中医医史文献学科正以蓬勃的精神、雄厚的实力向国内一流、国际著名的中医药史学研究、文献信息研究中心的目标加速发展。