民间医药研究所是由南京中医药大学和中国民间中医医药研究开发协会合作成立的学术研究机构，设在南京中医药大学中医药文献研究所。该所依托文献学科，开展民间医药文献整理工作，调查研究我国民间医药的优势及存在的困难和问题，科学评价并创新推广民间方药和技术，为国家出台有关民间医药和民间医生政策法规提供理论依据。